神盾局暗物质能量研究所。
这座研究所占地面积广阔，楼群林立，在研究所实验大楼周边还设有举行射电雷达进行宇宙观测，校准伽马射线强度。
此刻正是深夜，然而研究所建筑群却灯火通明，研究人员们正忙碌地打包设备，在特工和安全部队士兵的帮助下紧急撤离。
夜空之中，一架直升机从远方飞来，降落在研究所停机坪，飞机舱门开启，尼克弗瑞和另外一位高挑的美女特工跳下飞机。
科尔森在停机坪迎接他们二人。
美女特工名字叫希尔，是一位矫健刚毅的美丽女性，最近一段时间由罗局长通过细致的观察之后提拔上来的，给尼克弗瑞局长助理当助理。
神盾局总部收到暗物质能量研究所报告，研究中的宇宙立方产生了不稳定变化，发生了几次能量脉冲，脉冲强度不断增大，研究团队负责人沙维格博士认为很可能会发生爆炸。
罗局长听到这个消息，不禁喜形于色，连忙叫来尼克弗瑞命令他前去处置。
因为心情大好，罗局长在下命令的时候窃喜和幸灾乐祸的表情没收住，叫尼克弗瑞看到了，弗瑞局长助理现在心情很是有些小紧张，他总觉得局长大人要给他小鞋穿，这一次任务怕不是又要背黑锅倒大霉挨处分了吧？
最近尼克弗瑞也不是一事无成，他与娜塔莎特工配合之下，帮托尼解决了钯元素中毒的问题，托尼斯塔克靠着老爹留给他的资料和放在斯塔克集团办公室里的未来城市模型研发出了新元素反应炉，替换了原来的反应炉，进而重获新生，为了感谢尼克弗瑞的帮助，他以顾问的身份加入了神盾局。
钢铁侠2的剧情因为罗锋的介入而扭曲，斯塔克忙于修炼金钟罩铁布衫根本没去参加摩纳哥方程式赛车大赛，丧鞭没机会向他下手，也就没被汉默聘用研发新一代米军战斗机器人，还缩在老家苦熬日子。
不过罗局长对此事好像并不满意，一副尼克弗瑞坏了他大事的样子，加之尼克拒绝出家为僧在光头上点香疤，还威胁叛出师门，气得罗门主差点当场清理门户，两件事相加，最近尼克弗瑞很是不受罗局长待见，整天对他横眉竖目。
这位硬被罗局长塞到他身边当助理的美女特工希尔给尼克的感觉，她大概就是将来取代自己局长助理位置的人选了。
罗局长将她安排在自己身边，是为了学习如何做好局长助理工作。
压下心中的烦闷，尼克弗瑞带领希尔进了地下研究中心电梯，来到研发宇宙立方的实验室。
在这座地下实验室大厅之中，最中心处放置着一台大型仪器，宇宙立方就镶嵌在仪器上，沙维格博士试着用探针碰触宇宙立方，探针却被立方上逸散的能量烧毁。
见尼克进来，沙维格博士向他通报了宇宙立方最近的不稳定情况，尼克弗瑞以外行领导内行的标准官僚作风问出了一句：“为什么不把它的电源关了？”
“宇宙立方本身就是能源，关了它会自动开启。”沙维格博士无奈地解释道。
二人正聊着，宇宙立方忽然发出强烈波动，巨大的能量凭空产生，耀眼的光芒闪过，立方射出一道光柱，击中远处一片虚空，空间波动形成了虫洞，逸散的空间能量充盈在地下实验室大厅。
虫洞很快湮灭，一个人影在光芒中以蹲伏的姿势出现，那人一头黑色长发，手里拿着一柄像是短矛的权杖，权杖上镶嵌着一块闪着蓝光的宝石。
尼克弗瑞眯起眼细看，一下就认出来，这人他在新墨西哥见过一面，他欺骗托尔的时候过于自负没有隐形，被摄像头拍了个正着，罗锋给他建立了危险份子档案，神盾局的高阶特工都有他的资料。
这人便是阿斯加德的小王子，托尔太子的弟弟洛基。
尼克弗瑞见识过阿斯加德人使用彩虹桥穿越空间的大场面，没被洛基的突然现身吓到，沉着脸缓步朝他走去，边走边说：“欢迎来到地球，来自阿斯加德的洛基王子。”
他的问候倒让洛基倍感诧异，小王子殿下万万没想到自己一现身就被人喊破身份。
这段时间洛基也是命运多舛，他苦心孤诣地趁着父王奥丁突然陷入奥丁之眠的机会自立为王，还悄悄潜到地球忽悠哥哥托尔，本打算用覆灭约顿海姆来证明自己才有资格继承王位，没想到刚从地球回到阿斯加德一天时间，没来得及实施用彩虹桥连续轰击来毁灭约顿海姆，父王奥丁竟然垂死病中惊坐起了！
老神王一把夺过他还没捂热乎的奥丁神矛冈尼尔，集结了阿斯加德军队就杀奔米德加德，临走还命人将洛基关起来。
洛基稍稍动动脑筋就想明白了，他的养父是在装睡给他设套呀！等奥丁带着托尔回来肯定没他好果子吃。
奥丁急着赶去了米德加德，仙宫再无高手坐镇，看押洛基的士兵被洛基轻松放倒，趁着奥丁在地球被罗锋拿刀猛劈的机会，洛基逃出了阿斯加德，投奔宇宙霸主灭霸萨诺斯。
虽被叫破身份，洛基也没当回事，他是带着萨诺斯的任务降临地球的，哪里会在乎小虫子们认不认识他。
这座大厅已经疏散完毕，除了沙维格博士和尼克弗瑞之外再无一人，罗锋知道原剧情中宇宙立方导致了巨大爆炸，地下实验室特工和研究员死伤惨重，所以下了严令，疏塞效率远比原剧情时高，一名特工和研究员都没留下送死。
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